La agricultura ecológica se basa en métodos que respetan más el medio ambiente. Es menos intensiva que la convencional. Las frutas obtenidas tienen las mismas propiedades nutricionales que las convencionales. Son de bajo valor calórico, el agua es el elemento más importante, son ricas en fibras, y constituyen una excelente fuente de minerales, vitaminas y antioxidantes. Algunas personas defensores de este sistema afirman que las frutas ecológicas contienen más principios nutricionales. Esta afirmación aún no ha sido demostrada y no existe ningún estudio científico irrebatible al respecto. La agricultura ecológica, biológica u orgánica no utiliza plaguicidas, antibióticos, semillas transgénicas o modificadas genéticamente. Recurren a técnicas integradas al sistema agrario que favorecen a resguardar las variedades autóctonas, tanto agrícolas como silvestres. Por lo tanto los productos obtenidos a través de este sistema como las frutas ecológicas, son saludables para el consumidor y menos nocivo para el medio ambiente, ya que los residuos de los pesticidas y abonos inorgánicos contaminan la superficie de la tierra como el agua de la misma. Hay que tener en cuenta que este sistema en el ambiente rural produce muchos beneficios, ya que requiere mayor mano de obra que la producción convencional.

Sin embargo al momento de adquirir las frutas ecológicas, como cualquier otro alimento orgánico, pueden aparecer inconvenientes en su apariencia (color, brillo, tamaño) que puede ser de calidad inferior y resultar menos atractivos. Por último su precio, que es superior y algunas veces bastante superior, motivo por la cual el consumidor termina comprando otro tipo de alimento, y por último en los países donde no existe una verdadera reglamentación y control de los productos y productores ecológicos, la verdad de lo orgánico se puede poner en duda.

El consumo de frutas ecológicas, así como todos los alimentos orgánicos, en nuestro país se encuentra en una etapa moderada. En el año 2003 las frutas ecológicas representaron el 7% de las frutas consumidas. Sin embargo en los últimos años se ha visto una tendencia creciente notable tanto en la producción como en la demanda de estos productos, a pesar que en la actualidad este tipo de agricultura ocupa dentro del mercado un espacio reducido, se espera que tenga un crecimiento importante a corto o mediano plazo. No debemos olvidarnos que para evitar y reducir el riesgo de la contaminación de los alimentos, se deberán lavar cuidadosamente las frutas y verduras de ensaladas ya sean ecológicas o no, antes de ser consumidas.